以三級省醫院爲例。
新農合在三級省醫院門診補償：
三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。中藥發票附上處方每貼限額1元。
新農合在三級省醫院住院補償：
報銷範圍：
藥費：輔助檢查：心腦電圖、X光透視、拍片、化驗、理療、鍼灸、CT、核磁共振等各項檢查費，限額200元手術費（參照國家標準，超過1000元的按1000元報銷）。
報銷比例：三級醫院報銷30%。
新農合在三級省醫院報銷程序：
參保者出院後，將經患者本人簽字或蓋章的住院發票、出院記錄、費用清單、轉診證明及本人身份證複印件或戶籍證明繳本鄉鎮合管所，經審覈後集中統一送交市農保業務管理中心。
新農合在三甲醫院的報銷比例如下：
一、門診報銷比例
1、村衛生室、衛生所報銷比例60%
2、鎮衛生院報銷比例40%
3、二級醫院搏小比例30%
4、三級醫院報銷比例20%
5、鎮級合作醫療門診報銷限額5000元/年。
二、住院報銷比例
1、新腦電圖、X光透視、拍片、化驗、理療、鍼灸、CT、核磁共振等輔助檢查項目限額報銷200元
2、手術費起付線1000元內按照國家標準報銷，超過1000元按照1000元報銷
3、60歲以上老年人住院治療費及護理費每天可報銷10元，限額200元
4、各級醫院報銷比例爲：鎮衛生院報銷60%二級醫院報銷40%三級醫院報銷30%。
三、大病報銷比例
1、門診統籌鄉、村補助比例分別提高到65%、75%
2、級醫療機構住院費用在400元以下者，不設起付線
3、二級醫療機構補助比例提高到75%到80%
4、三級醫療機構補助比例提高到55%到60%
5、省三級醫療機構補助比例提高到55%
6、兒童先心病等8種大病新農合補助病種定額的70%，肺癌等12種大病，新農合補助病種定額力爭達到70%。
《中華人民共和國社會保險法》第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
新農合報銷比例與就診機構有關，就診機構級別越高報銷比例越低，一般新農合三甲醫院報銷的比例在65%左右，不過，還需以當地醫保報銷政策與就診機構的報銷政策爲準。
參加新農合的都是農村戶口，在三甲醫院就醫屬於異地就醫，需要本地就醫機構開具轉院證明並經過新農合辦審覈，否則不予報銷。
