南方古猿在生物分類上是人科-南方古猿屬，目前發現有9個種的化石：湖泊種、阿法種、扁臉種、非洲種、埃塞爾比亞種、驚奇種、包氏種、源泉種、粗壯種。
南方古猿不是人屬，但一般認爲其中一個種是人屬的直系祖先。
古人類學把直立行走作爲人與猿的分界線，按這個標準，南方古猿不屬於猿，屬於人，他有明確的直立行走的證據。之所謂南方古猿的名字裏帶個“猿”字，是因爲其化石發現的年代早，那時候古人類學還沒有把直立行走作爲人猿分界線。而生物學命名的規矩是，一旦命名，永久不變，所以名稱一直保留了下來。比南方古猿年代更早的撒海爾人、原初人，反而帶了“人”的稱號。實際上，南方古猿比上述古人類更“進步”。
