紅豆杉的花朵單生於葉腋，雄花有花梗，雌花基本沒有花梗支撐。成熟時爲肉質杯狀的紅色假種皮。花朵初開白色，後爲黃色。
紅豆杉的花朵單生於葉腋，雄蕊上的花球有花梗支撐，整體近似圓球形，苞片有6~14枚。雌蕊基本沒有花梗，在基部有多數覆瓦狀排列的苞片，單生於總花軸上部側生短軸頂端的苞腋種。成熟時爲肉質杯狀的紅色假種皮。初開白色，後爲黃色。
一般來說紅豆杉開花只有雄株纔會進行開花。它的花朵就和一顆豆子一般大小，小小的十分可愛。顏色呈白色狀，上面留有粉紅色的花粉。花朵開放的時候，花粉隨着微風搖曳到雌株上面，就會結出果實來。
