對於U盤來說，選擇FAT32格式更好。FAT32比較通用，電腦以外的設備基本都會支援此格式，比如帶有OTG功能的智能手機。但此格式不支援大於4G的單個檔案，若需要存發大於4G的檔案也可將U盤格式化爲EXFAT格式。
不建議U盤使用NTFS格式。因爲NTFS分區相對來說是比較傷U盤的，因其是採用“日誌式”的檔案系統，需要記錄詳細的讀寫操作，肯定會比較傷閃盤芯片，因爲要不斷讀寫。
而exFAT是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一種適合於閃存的檔案系統，爲了解決FAT32等不支援4G及其更大的檔案而推出。缺點是在XP系統中需要安裝補丁才能識
