真核細胞微生物主要包括酵母菌，所謂的細胞分爲真核細胞與原核細胞，真核細胞與原核細胞的主要區別就是有無核膜包被的細胞核，真核細胞是有核膜包被的細胞核，而原核細胞咋沒有核膜包被的細胞核，另外，原核細胞只有一種細胞器叫做核糖體，而真核細胞咋有多種細胞器。
真核細胞型微生物就是指具有真正細胞核（即核質和細胞質之間存在明顯核膜）的細胞型微生物。這類微生物包括：真菌（黴菌、酵母菌、大型蕈類）、真核藻類和原生動物凡是細胞核具有核膜、能進行有絲分裂、細胞質中存有線粒體或同時存在葉綠體等細胞器的微小生物，就稱真核微生物。
微生物包括：病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界。
病毒沒有細胞結構
原核生物包括一藻（藍藻）、二菌（細菌、放線菌）、三體（衣原體、支原體、立克次氏體）
下面是真核微生物：
原生生物包括草履蟲、變形蟲、瘧原蟲等。
真菌包括酵母菌、黴菌（青黴）、大型真菌（蘑菇）等。
