從廣義上來說，分子育種可以分成兩個方面，一個是分子標記輔助育種，二就是轉基因。
後者可謂是個“雷區”，因此不少科學家們轉而專注於分子標記輔助育種，這種育種方式現在流行的名稱爲基因組分子育種，相比於傳統育種技術，這種分子育種技術選擇更準確、更高效，可使育種週期大大縮短，且成本降低
分子育種——將分子生物學技術應用於育種中，在分子水平上進行育種。通常包括：分子標記輔助育種和遺傳修飾育種（轉基因育種）。
轉基因育種——就是將基因工程應用於育種工作中，透過基因匯入，從而培育出一定要求的新品種的育種方法。
