司馬遷因李陵事件遭受宮刑，身體雖然被強權殘酷閹割，但精神卻依然堅守獨立之人格，思想依然在頑強地自由翱翔，最終寫出驚天地泣鬼神的作品，完成了被稱爲中國歷史文化“千古絕唱”的《史記》。司馬遷對當時知識者的社會地位，有着非常清醒的認識，《報任安書》中說：“文史星曆，近乎卜祝之間，固主上所戲弄，倡優所畜，流俗之所輕也。”認爲朝中掌管文獻史籍、天文曆法者，不但與占卜祭祝者相近，且類於歌舞雜技藝人，都是皇上蓄養的被玩弄者，分析入木三分。數千年中的大多數知識者，在專制淫威之下，雖然身體沒有被閹割，但其靈魂與人格已被閹割，精神與思想被奴才化。然而司馬遷作爲御用史官，卻能在受到極端凌辱之後寫出個性鮮明的作品，可稱千古一人。他那豪放生動能通古今之變的文筆，那獨立不羈而成一家之言的史詩，是中國歷史文化中光彩奪目的亮點。
他把農民起義領袖寫成《陳涉世家》，與諸侯貴族同一等級，對起義者充滿了同情，肯定了他們推翻暴秦統治的首功。又把與高祖劉邦爭天下而失敗的項羽，放入皇帝等級的“本紀”，且列在劉邦之前，突出其叱吒風雲、氣蓋一世的英雄形象，爲失敗者唱起悲壯之歌。對打下江山的漢高祖劉邦的描寫，許多方面可謂實錄，早年像“二流子”，打天下後仍舊習不改，時顯流氓無賴相，並不一味歌頌，使一個陰險、詭詐、猜忌和常耍權術的帝王栩栩如生。在描述當朝皇帝的《孝武本紀》中，也能秉筆直書如實記載，批判漢武帝在封禪祭天、巫蠱迷信方面的愚蠢和昏聵，指出大規模對匈奴戰爭非但建功不深，窮兵黷武還給人民造成極大的痛苦和災難。《酷吏列傳》更是將當時司法統治的黑暗揭露得淋漓盡致。
《史記》最華彩的樂章是《貨殖列傳》，爲春秋戰國至秦漢時期的私營工商業老闆大唱讚歌，理直氣壯地褒揚市場經濟的成功者，指出工商業經濟的重要社會地位，肯定個人經商致富的非凡價值，與當時的統治理念及其施政綱領大唱對臺戲，實在是不同凡響。
首先，在專制統治實行“重農抑商”政策的背景下，司馬遷堅持農、工、商平等的理念，指出農、工、商、虞（礦）四者，都是民衣食之源。認爲工商業的發展能帶動整個社會的進步，談到山東“鄒、魯”諸地在社會經濟發展的鉅變中，“以鐵冶起，富至鉅萬”的曹邴氏起到了榜樣的作用，私營工商階層的勞動給社會帶來嶄新的面貌和深層的活力，非常欣賞工商致富者的能力與成就，極大地改變着舊的傳統價值觀念。
其次，司馬遷不迴避求“利”追“富”的人性要求，認爲它正當合理，鼓勵人們的“利”、“富”慾望。“富者，人之情性，所不學而俱欲者也。”“利”和“富”是社會發展的必不可少的動力，提出各行業一般應有百分之二以上的盈利，“不中什二，則非吾財也”，即盈利不到百分之二的，就不是我所說的生財行業。鼓吹“天下熙熙，皆爲利來天下攘攘，皆爲利往。”談到“貧富之道，莫之奪予，而巧者有餘，拙者不足。”貧富差異不是爭奪、贈送等手段的結果，而全在經營者的聰明和愚笨。“千金之家比一都之君，鉅萬者乃與王者同樂，豈所謂‘素封’者邪非也”用反問的口氣讚揚聰明勤勞的致富者，尊崇成功的私營工商業者，鉅富者可比“素封”的王者！間接批判了儒家“君子不言利”的虛僞性。
再者，反對官府經營工商業與民爭利，更反對統治者對工商業的野蠻掠奪。“善者因之，其次利道之，其次教誨之，其次整齊之，最下者與之爭。”要求統治者對市場經濟持因勢利導的無爲政策，指出與民爭利的統治者是最下作的。認爲應靠勤勞致富，“非有爵邑俸祿、弄法犯奸而富”，把靠爵邑俸祿致富的貴族、官僚同弄法犯奸而富的人並列而談，可見司馬遷對靠權勢“奸富”的貴族官僚的鄙視與痛恨。《史記·平準書》中列舉了大量官營工商業的腐敗史實，揭露了官商勾結的禍害，更控訴了漢武帝以增加算緡稅收和告發瞞漏諸手段，大規模向富裕的工商階層進行掠奪的罪行，致使“富賈中家以上大率破。”而“大農之諸官，盡籠天下之貨物”，造成民間社會的極端貧困。要求統治者在市場經濟中無爲而治，順其自然，不與民爭利諸思想觀點，完全符合社會發展之趨勢，有其相當的積極意義。
再次，對“治生之術”，即發展產業之道的重視。“是以無財作力，少有鬥智，既饒爭時，此其大經也。”是說無資產者就應該憑力氣去賺取，少有資產者應該憑智慧去增值，已經富足者更要把握時機擴大財富。用大量事實告訴人們，工商業者發家致富不僅需要透過辛勤的勞動，還需“必用奇勝”的智慧。如描述當時著名大商人白圭，“治生產，猶伊尹、呂尚之謀，孫吳用兵，商鞅行法是也。”而且“能薄飲食，忍嗜慾，節衣服，與用事僮僕同苦樂，趨時若猛獸摯鳥之發”，用計謀辦法，也儉省節約，且抓住時機，故能有所成就。市場機制的特點是平等競爭，鼓勵人們努力向上，優勝劣汰。指出工商業各種部門，哪怕最底層的行業，只要把握機緣，不辭勞瘁，以智取勝，都能創造出奇蹟來。
總之，大力倡導自由市場的商品經濟，“人各任其能，竭其力，以得所欲。故物賤之徵貴，貴之徵賤，各勸其業，樂其事”。認爲自由市場經濟能使人們各自發揮出最出色的能力，獲得希望得到的回報。商品的價格與供求關係也能自然地得到調節，使人們積極快樂地從業與生活。當然市場經濟存在無情競爭，“富無經業，則貨無常主，能者輻湊，不肖者瓦解。”致富可以有多種行業與手段，能否成功全看個人的本領，反對用各種不正當手段的“奸”富，要求用公平的自由競爭機制促進社會經濟發展。讚歎漢初全國市場形成時的繁榮局面，“漢興，海內爲一，開關樑，弛山澤之禁，是以富商大賈周流天下，交易之物莫不通。”這樣“上則富國，下則富家”，理直氣壯地將“富國”與“富家”擺在同等重要的地位。
司馬遷《史記》立專門章節爲“貨殖”業（工商業）鼓吹，爲富商大賈們樹碑立傳，這在傳統中國不但是前無古人，且冒着忤逆統治者的風險，需要超人的眼光與膽略。《貨殖列傳》是中國經濟思想史上難得一見的好文章，然而有關思想只是發源於黃老道家的一些理念，與西方羅馬法建立市場經濟秩序的基本理念與權利意識還存在極大的距離，不懂得如何用爭取平等的政治權利方式去建立商品經濟的完備秩序，無法保護已經取得的與市場秩序有關的社會進步，從而上述經濟思想不可能發揮出實質性的意義。直到宋、明、清諸代，雖然也出了幾個讚賞、倡導商品經濟的思想者，如葉適、丘浚、藍鼎元等人，但上述這一致命的缺憾依舊。在重農抑商的傳統文化、專制制度的種種羈絆下，中國古代商品經濟只能徘徊於歧路，而倡導商品經濟的思想觀點也只有曇花幾現。
《史記》中最了不起的一筆，是《伯夷列傳》中伯夷與叔齊攔阻周武王伐紂故事中的深刻含義。兄弟倆極力勸阻失敗，殷亡周興，似乎一個萬惡的舊政權覆滅了，美好的新朝廷誕生了，而伯夷、叔齊卻躲進首陽荒山，義不食周粟，采薇充飢，還放聲高歌：“登彼西山兮，採其薇矣。以暴易暴兮，不知其非矣！”以絕食赴死來抗議這場以暴易暴的戰爭。《莊子·讓王》中也有此段故事的一番論說，伯夷、叔齊反對周武王崇尚計謀、依恃武力，用屠殺攻伐來奪取政權，其中已有反對用戰爭這種革命方式代替暴政的思想。司馬遷直接喊出“以暴易暴兮，不知其非矣”的感悟，似乎認識到用暴力取得的政權，也只會用暴力維持，而在暴力統治下的人民，不僅是草芥、螻蟻，也不能懂得用其他和平手段來解決社會矛盾。這一思想閃光點確實難能可貴，此後兩千多年，中國社會就是一部“以暴易暴”的血腥殘酷的歷史，人們在勝王敗寇這個歷史邏輯中互相殘殺，刀光劍影而看不到盡頭！許多人至今憧憬武力“革命”，而不知“其非”在哪裏。
讀到司馬遷的這些思想，讓人肅然起敬。但這樣的知識者人數之少，真可謂數千年纔出幾人。加上人微言輕，而在知識太監化的傳統歷史洪流中根本不可能力挽狂瀾，往往才華被埋沒，人生極坎坷，傑出的思想理念很快被傳統意識形態的痼疾所淹沒。
