一、字源不同
1、尊：會意。甲骨文字形，象雙手捧着尊，從酉，從収(gǒng)。小篆從酋，從収。或作寸。
2、遵：形聲。從辵(chuò)，尊聲。
二、指代不同
1、尊：此字初文始見於商代甲骨文及商代金文，其古字形像雙手捧酒樽，表示進獻，本義爲一種用以盛酒的禮器，此義後來也用“樽”表示。
2、遵：“尊”本義爲“大力推薦（好酒）”、“推崇（好酒）”。“辵”與“尊”聯合起來表示“走推薦的路線”。
尊zūn
◎ 地位或輩分高：～長（zhǎng ）。～卑。～貴。～嚴。
遵zūn
◎ 沿着，依照，按照：～守。～照。恪～。～循。～行。～養時晦。
可見，“尊”的本義是地位或輩分高，那麼對待地位或輩分高的人的態度就是“尊”，不能用“遵”。
“遵”的部首是走之底，與走路有關，引申爲法律法規等，所以，“遵守紀律”就只能用“遵”，不能用“尊”。
