區別主要一是參加社會保險的名稱不一樣，聘用醫生參加的是城鎮企業職工養老保險，事業編醫生參加的是機關事業單位養老保險。
二是退休養老金的計算方式有出入。
三是參加醫保也不一樣，生病報銷有不同。
第一，檔案歸屬不同，合同制由醫院人事部門保管，有編制是由本地衛生局存檔
第二，僱傭渠道不同，合同制與醫院簽有勞動合同，有編制則由衛生局統一分配
第三，工資發放不同
第四，級別調整不同
第五，保險不同，在編的會按勞動法律上各項保險，合同的就不一樣
第六，退休待遇不同
主要區別就是聘用制醫生並沒有編制，只是透過簽訂勞動合同的形式被醫院招聘到醫院中工作的。而事業編醫生則是指透過事業單位招聘考試等方式進入到醫院中工作的具有事業編制的醫生。
