果蠅最明顯的特點就是生命週期短。
果蠅的1個完整的生活週期分爲4個明顯的時期，即卵→幼蟲→蛹→成蟲。卵長約0.5mm、白色，前端背面伸出一觸絲，能附着在食物或瓶壁上，不致深陷於食物中。卵經22-24h孵化爲幼蟲，幼蟲經兩次蛻皮爲三齡幼蟲，約4-5mm肉眼可見其一端稍尖爲頭部，上有一黑色鉤狀口器。
果蠅具有生活週期短、容易飼養、繁殖力強、染色體數目少而易於觀察等特點，因而是遺傳學研究的最佳材料。早在1908年由天才遺傳學家摩爾根把它帶上了遺傳學研究的歷史舞臺，約在此後30年的時間中，果蠅成爲經典遺傳學的“主角”。
體型較小，身長3～4mm。近似種鑑定困難，主要特徵是具有碩大的紅色複眼。雌性體長2.5毫米，雄性較之還要小。雄性有深色後肢，可以此來與雌性作區別。
