1、危害的作物不同：瓜蠅主要危害葫蘆科植物，比如黃瓜，而果蠅會危害200多種瓜果蔬菜，比如楊桃、青棗、枇杷、芒果等。
2、分佈的地區不同：瓜蠅廣泛分佈在溫帶、亞熱帶、熱帶的30多個國家和地區，而果蠅主要分佈在亞洲熱帶、亞熱帶、暖溫帶以及澳大利亞和南太平洋地區，也有少數分佈在非洲南部。
瓜蠅的成蟲體長8——9毫米，翅展16——18毫米，黃褐色，額頭窄且兩側平，前胸左右兩側及中、後胸有黃色的縱帶紋，腹部4節，1——2節背板爲黃色或棕色，第3節的基部有1條黑色的狹帶，第4節有黑色的縱帶紋，腿節上有1個不完全的棕色環紋。
瓜蠅成蟲的壽命爲1——2個月，越冬成蟲一般4——5月出蟄活動，7——9月進入危害盛期。通常在上午9——11時和下午4——7時活動危害最盛。每年11月底左右，瓜蠅進入越冬期。
瓜蠅喜歡產卵於謝花不久，表皮還沒有硬化的幼瓜基部，每隻雌蠅一生可產卵300——1000粒。
果蠅區別於瓜蠅最明顯的一點是其前胸背板的中央沒有瓜蠅那樣的黃色縱紋。
果蠅可以像瓜蠅一樣危害瓜類，但主要的還是偏愛危害水果。其寄主植物包括楊桃、番石榴、柑桔、青棗、枇杷、黃皮、芒果、木瓜、桃、李、梨、苦瓜、絲瓜、香瓜、甜瓜、龍眼、荔枝等200多種果蔬。
果蠅一般一年發生8——9代，每年8——11月爲發生和爲害高峯，繁殖力強，善飛翔，也善遷移危害，沒有越冬現象，可常年危害。
