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億萬年前大海深處的一隻魚，在自然進化中變爲魚鳥，然後又在地質災難中變成了神農架崖壁上的活化石。經過了萬年的風雨洗禮，魚鳥醒來時已進化成了一隻十頭似冠的鳳鳥。
剛剛甦醒的鳳鳥誤墜騰龍洞，命懸一線時，被仁愛的九色鹿所救。它們相伴林間，成了親密的好夥伴。此後，因爲人們的誤解和貪婪，“十頭鳳鳥”被射下一頭，成爲了“九頭妖鳥”，九頭鳥不僅要洗刷自己的惡名與冤屈，而且要尋找智慧的人來統治九州，啓迪民衆。
在尋找智慧谷的過程中，九頭鳥發現途經的一處地方大旱，爲了拯救蒼生，它飛翔於羣山之巔，引來九州驚雷，滴血降露，拯救蒼生，並戳穿了火神九眼犬的陰謀。火神逃走，心中不甘，又勾結了瘟神九尾狐，設計毒殺九頭鳥。毒蠍三次過河的刺殺計劃都被九頭鳥機智化解。九尾狐心懷恨意，製造出一場瘟疫。在天地生靈面臨浩劫時，九頭鳥大智大勇，擊敗了九尾狐，趕走了瘟疫。九頭鳥把自己的一雙眼睛給了盲女小希，它的故事又感動了海蚌，海蚌的淚滴變爲了九頭鳥的珍珠眼。
生死浩劫後，人們重獲安康，九頭鳥和九色鹿又再次踏上了尋找智慧谷之路
