司法拍賣的車輛有抵押的，法院可以對車輛進行拍賣，但拍賣所是的款項優先償還質權人的債權，然後再償還其他債權。
《最高人民法院關於人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》
人民法院對被執行人所有的其他人享有抵押權、質押權或留置權的財產，可以採取查封、扣押措施。財產拍賣、變賣後所得價款，應當在抵押權人、質押權人或留置權人優先受償後，其餘額部分用於清償申請執行人的債權。
肯定是買方負責處理的。法拍車一般在司法網進行拍賣時，會把拍賣的車輛所有資訊都會明確的表示出來，所以買家就要承擔車輛的所以後續問題，法拍車的抵押資訊法院不會故意隱瞞，在拍賣程序時就會明確告知購拍人，後續抵押的解決只能是購拍人去解決了。
