土地使用權確認糾紛發生之後可以透過協商，當事人協商解決協商不成的，由人民政府處理。政府不能處理的，可以向法院起訴。
相關法律規定：中華人民共和國土地管理法
第十四條：“土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。”
