第一種方法就是老青年前幾天介紹相手蟹除藻的生物處理法，在黑毛藻爆發的前期，通常情況不是特別嚴重的時候可以放養一些吃黑毛藻的生物，比如飛狐、黑客蝦等生物，當然也別忘了老青年曾經介紹的藻類收割機——相手蟹
第二種方法是手動清除法
我們可以透過給魚缸勤換水來抑制黑毛藻的爆發，換水前用刮藻工具來清除魚缸壁、裝飾擺件、過濾器、加熱棒等上面的黑毛藻但是這種方法只能是在一些較硬的物體上進行清理，而且一些死角部位無法清理乾淨。此外手動清除方法通常對於水中植物葉片上的黑毛藻無能無力，否則很容易弄傷水草，破壞造景。
第三種方法是用藥物處理方法
藥物處理方法中分爲兩種，一種適合在魚缸內直接使用，對魚缸內的活體影響程度較小，但受效時間較慢另外一種是在缸外使用，把爆發黑毛藻的水草或者水族器具浸泡在藥物溶液裏面，這種方法見效時間快，但是具有一定的毒害作用，使用時需要注意最後投洗乾淨以後才能再入缸與活體接觸。
