微生物菌劑相較於市面上的有機肥料和無機肥料，更加受到歡迎，微生物菌劑的使用方法也有所不同。在實際生產應用中，人們購買了微生物菌劑後，沒有掌握微生物菌劑正確的使用方法，施用之後並沒有出現顯著效果，甚至還會出現各種問題。因此掌握住微生物菌劑正確、科學的施用方法和技巧，才能更好地發揮出功效作用。
微生物菌劑
施用方法
方法/步驟
1、微生物菌劑施用時間一般爲清晨或者陰天。微生物菌劑中的芽孢桿菌不能在陽光下直射，會使其繁殖、代謝等活動受到影響，甚至會是去活性，一定要避免在炎熱高溫的天氣使用。
2、微生物菌劑對土壤條件要求比較嚴格，像土壤水分含量、有機質含量、以及pH值的大小都會影響其作用的發揮。一般菌適宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用後應立即澆透水，菌肥和有機肥混合施用，可以顯著提高土壤中有機質的含量。
3、微生物菌劑不應該長期放置，應該隨用隨買使用前應該存放陰涼乾燥、通風處，避免受熱、受潮以及陽光直射肥料開口後應一次用完，否則會導致其他菌進入，污染肥料中的菌。
4、微生物菌劑不要與能夠殺死有益菌的物質一同使用，菌劑因爲裏邊含有大量的有益活菌，所以嚴禁與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因爲這些農藥或者肥料中的物質會很容易造成菌的失活，導致其失去效果。如果要施用的話，應最少間隔48小時後再用。
5、微生物菌劑不能隨意混合化肥施用。雖然菌可以與化肥、有機肥等混合施用，但是這並不意味着可以隨意混合。當化肥中氮磷鉀等元素的總含量超過7%時就會在很大程度上抑制菌的活性。所以化肥與菌肥混用時，我們建議隨用隨混。如果菌肥中的菌種對化肥有很好的耐受性，可以混合施用。
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注意事項
一、選擇質量合格，過期不能用。菌肥必須儲存在低溫（最適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度範圍，如哈茨木黴菌需要儲存在2-8℃的恆溫箱內，有效期爲一年，而一些芽孢桿菌要根據生產質量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能儲存一年半甚至更久，芽孢化不好的達不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品。有的菌肥廠家做了烘乾處理後加入菌種（如：蓓達根生物菌劑），芽苞化程度高，含水量低，就可儲存時間長一些。
二、根據菌種特性，選擇使用方法。 建議大家在使用生物菌肥的時候，基施可用方法有：撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩餘部分可以穴施效果更佳。 不建議衝施生物菌肥，這樣效果不佳，但是有可以灌根的流體菌劑（如：蓓達果），主要針對液體生物菌肥。
三、儘量減少微生物死亡。 施用過程中應避免陽光直射蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根後要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農爲防治根莖部病害，使用農藥灌根，如多菌靈、惡黴靈、硫酸銅等藥劑，真菌、細菌都能防治，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥後不要再用農藥灌根
