《神探狄仁傑第三部》講述了唐朝時期大臣狄仁傑屢破奇案的故事，由《黑衣社》和《漕渠魅影》兩個部分組成。
《黑衣社》劇情介紹：武週年間，正值盛世，然邊事頻仍，連年征戰，守邊將士軍心不寧。軍中缺餉，無力維持。此時的狄仁傑，正帶領着李元芳和四大軍頭蜿蜒在去往涼州的山道中。狄公自連破崇州、蛇靈、江州等一系列大案後，幾經懇請，終於得武皇允准回老家幷州休養。他想於回家的路上，繞道去看望涼州刺史曾泰並向他辭別。想到老朋友，想到詩酒相會笑談功過，想到回鄉遠離紛爭的朝事，想到專心務農垂釣汾水，狄公倒是頗感欣慰。但李元芳耿直地向他指出，他沒有這等享清福的命。《漕渠魅影》劇情介紹：雷鳴電閃，大雨如注。大運河長江通往淮水的邗溝水面波濤洶涌，白浪濁天。狂風暴雨之中，江淮鹽鐵轉運使的運鹽官船在邗溝覆沒。一年之內，這已是第十五次了，數百運卒喪生，數百萬石食鹽沒於水中。而朝廷派去查察此事的官員均是無功而返，更有甚者，出漕調查的水部郎中李翰竟然在任上自縊身死。由於鹽運受阻，揚州西北各地都已經發生了鹽荒。武則天急召狄仁傑進宮，任他爲江南道黜置大使，兼江淮都轉運使，察查邗溝覆船大案。狄公帶領李元芳、曾泰趕赴揚州。
