妖書案（漢語拼音：Yaoshu'an），中國明末的疑案 。
發生於萬曆三十一年（1603）。
明神宗皇后無子，王恭妃生子常洛，爲皇長子。
後鄭貴妃生子常洵。鄭妃得神宗寵愛，神宗有意立其子爲嗣。
爲此朝臣多次力爭早日冊立東宮。先是刑部侍郎呂坤撰《閨範圖說》，神宗賜給鄭貴妃。貴妃親自作序，其兄鄭國泰重刻此書。增刊后妃，起於漢明德皇后，終於鄭貴妃。
二十六年秋，有人撰寫閨範圖說跋，名曰《憂危竑議》，言鄭貴妃欲奪儲位，呂坤等助之。鄭妃之黨疑出自主張冊立皇長子的吏科給事中戴士衡、全椒知縣戴玉衡之手，神宗爲此謫戍二人，了結此事。
二十九年，神宗迫於朝臣壓力，冊立朱常洛爲東宮太子，然仍不遣福王朱常洵至國。
三十一年十一月，又出現《續憂危竑議》一書。書中言神宗立東宮爲不得已，楚太子獄又不齊備東宮官屬，含有日後改易之意另外，神宗命朱賡入閣，是因賡、更同音，也寓有改易之意書中並附有依附朱賡的內外官員名單。是書署名爲吏科都給事中項應禪撰，四川道監察御史喬應甲刊。因其言詞詭妄，所以當時稱作妖書。
神宗見書後大怒，立即命廠衛搜緝，大索奸人。項、喬兩人上書自明，帝不問。
其時浙黨黨魁沈一貫當國，與東林黨人積怨已深，遂藉此案誣陷次輔沈鯉、侍郎郭正域，興起大獄。
最後太子爲保全曾是他講官的郭正域出面講話，東廠提督陳矩也因獄主無名恐輾轉攀累不已，沈一貫等才歸罪於有詐騙鄭國泰前科的順天府斥黜生員皦生光。次年四月磔生光，草草結案。
