U盤格式化選什麼格式，與U盤的品牌無關。在格式化U盤的時候需要選擇檔案系統類型，分別有FAT32（默認），NTFS和exFAT這三種格式。
FAT32格式的相容性好，可以在不同的操作系統上進行讀寫，還能夠相容電視機，遊戲機等大多數的數碼產品，所以在默認情況下格式化U盤的時候都會選擇FAT32。FAT32的缺點就是對於檔案本身的大小有嚴格的限制，不支援4G以上的單個檔案，同時最大僅支援2TB的硬盤。
NTFS是微軟制定並且使用最廣泛的硬盤格式系統，適用於所有windows版本。並且消除了FAT32的容量限制，支援超大容量檔案，在安全性和穩定性方面更加出色，擁有數據保護和恢復，加密訪問等進階技術，目前大多數電腦硬盤都是使用NTFS格式。但是NTFS格式是爲機械硬盤量身定做的，會詳細記錄硬盤的讀寫操作，但U盤的讀寫次數並不是無限的，如果使用這種檔案系統，會減短U盤的使用壽命。
exFAT又稱之爲FAT64，是微軟爲閃存量身定製的，它對檔案的大小和分區限制很小，可以存儲單個超過4G的檔案，最大支援單檔案1EB，適合存儲超大容量檔案，甚至還能在Windows和Mac進行讀取和使用，具有強大的跨平臺操作能力，比NTFS的相容性更加好，是U盤等移動設備的最佳選擇。
