前美國特工伯恩與女友瑪麗在印度過着平靜的生活，對於過去他只剩下斷斷續續的記憶，究竟曾經發生過什麼他自己是誰這些問題一直困擾着伯恩。一天一個陌生人對伯恩和瑪麗展開了追殺，瑪麗在逃跑的過程中不幸中彈身亡，滿懷悲憤的伯恩決定將事情查個水落石出。
伯恩持護照來到歐洲，卻被海關扣留。美國政府駐當地官員找伯恩談話，期間接聽了一個電話。伯恩發現該官員面部表情的微妙變化，於是先下手爲強，將其打昏在地。伯恩複製了這名官員的手機電話卡，並在離開後對這部手機進行了竊聽。伯恩發現美國中情局高層帕米拉曾經與這名官員通話，她要求將伯恩扣留押送到德國，並稱伯恩曾在幾天前暗殺了兩名特工，是個極其危險的人物。一頭霧水的伯恩決定到德國見一見帕米拉，弄清事情的真相。
事實上帕米拉一直都在尋找伯恩，她的兩個手下被人暗殺，指紋顯示爲幾年前“絆腳石計劃”成員伯恩所爲。“絆腳石計劃”是一項高度機密的任務，當年參與這一計劃的成員除了伯恩已全部喪生。在那個計劃中曾有約兩千萬的款項不翼而飛，伯恩是重要嫌疑人。這幾年中情局一直在尋找伯恩的下落，如今他終於在德國出現卻殺死了兩名特工。帕米拉不想讓自己的手下白白喪命，她要抓住伯恩爲死去的人報仇。於是帕米拉和同是中情局高層的沃恩帶着一干人等來到德國，準備和伯恩周旋到底。他們還找到曾經爲駐外特工提供後勤保障的妮基，因爲她曾經和伯恩接觸，對案情會有幫助。
伯恩接通了帕米拉的電話，他要求與妮基面談。從妮基口中得知了帕米拉一行來德國的目的，伯恩明白有人陷害自己。雖然此刻伯恩已經成爲全歐洲通緝的罪犯，但必定曾經是中情局的特工，那些抓捕他的警察全部被他玩弄於股掌之中。
伯恩憑着記憶來到一家酒店的房間，他忽然想起自己曾經在這裏執行任務，殺死過一名俄羅斯政客和他的妻子，並僞造了現場。伯恩偷偷潛入自己的老上司沃德的房間，恰好聽到他與俄羅斯實業家尤里的通話。此刻伯恩終於明白，是沃德在陷害自己。當年沃德利用“絆腳石計劃”與尤里一起盜走兩千萬資金，此後設計將參與該計劃的成員一一殺害，只有伯恩從中逃脫卻患上了失憶症。儘管還有一年沃德即將退休，尤里也利用那筆鉅款成爲知名企業家，但幾年來他們一直在尋找伯恩的下落。當打聽到伯恩和瑪麗躲在印度時，尤里派殺手到印度企圖斬草除根，沃德則製造了幾年前逃跑的伯恩重現並殺死特工的假象。
沃德知道自己已無路可逃，飲彈身亡。伯恩將他與沃德的對話進行了錄音，並將錄音機留給了帕米拉。帕米拉終於得知了真相，尤里也被繩之於法，但此刻她卻不能向伯恩說一聲抱歉，因爲伯恩早已消失，開始了他新的潛伏生活。
該片於2004年7月23日在加拿大上映。 影片講述傑森·伯恩被他過去的記憶陰影籠罩着，關係着絆腳石計劃還有一個CIA的陰謀的故事。
