1、攻擊模式不同：火影忍者究極風暴2的電腦版操作：H鍵攻擊/退出、J鍵跳躍/確定、K鍵積攢查克拉【先按K然後快按H必殺，按兩下H大必殺】、Y鍵替身/選擇替身物品【有3次替身，查克拉下方有表】，而1部的操作要簡單一些，每部遊戲會根據劇情推進設計合適的模式。
2、角色不同：究極風暴1講述了鳴人從中忍考試到跟隨自來也修行的劇情。其中包括中忍考試、對抗我愛羅砂之守鶴、綱手&自來也VS大蛇丸、鳴人佐助瀑布決戰等精彩劇情，而其他幾部出現的人物各有不同。
3、時間不同：火影忍者究極風暴1、2、3、4的劇情是連着的，第1部結束在終末之谷，第2部是結束在第3次忍界大戰，第3部結束在第4次，第4部結束在博人傳。
