一、指代不同
1、NTFS：是 Windows NT 環境的檔案系統。新技術檔案系統是Windows NT家族的限制級專用的檔案系統。
2、exFAT：是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一種適合於閃存的檔案系統，爲了解決FAT32等不支援4G及其更大的檔案而推出。
二、優缺點不同
1、NTFS：對FAT和HPFS作了若干改進，例如，支援元數據，並且使用了進階數據結構，以便於改善性能、可靠性和磁盤空間利用率，並提供了若干附加擴展功能。
2、exFAT：採用了自由空間位圖負責容量分配，刪除與寫入性能得到最大限度地改進。
三、支援存儲空間不同
1、NTFS：NTFS可以支援的分區(如果採用動態磁盤則稱爲卷)大小可以達到2TB。而Windows2000中的FAT32支援分區的大小最大爲32GB。
2、exFAT：單檔案大小最大可達16EB（18，446，744，073，709，551，616字節，（理論值，16×1024×1024TB），1TB=1024G）。
