非等位基因就是位於同源染色體的不同位置上或非同源染色體上的基因。主要包括：互補基因、異位顯性基因、累加基因、修飾基因、抑制基因、調節基因、微效多基因等。
互補基因：若干非等位基因只有同時存在時纔出現某一性狀，其中任何一個發生突變時都會導致同一突變型性狀，這些基因稱爲互補基因。
異位顯性基因：影響同一性狀的兩個非等位基因在一起時，得以表現性狀的基因稱爲異位顯性基因或稱上位基因。
累加基因：對於同一性狀的表型來講，幾個非等位基因中的每一個都只有部分的影響，這樣的幾個基因稱爲累加基因或多基因。
修飾基因：本身具有或者沒有任何表型效應，可是和另一突變基因同時存在便會影響另一基因的表現程度的基因。
抑制基因：一個基因發生突變後使另一突變基因的表型效應消失而恢復野生型表型，稱前一基因爲後一基因的抑制基因。
調節基因：一個基因如果對另一個或幾個基因具有阻遏作用或激活作用則稱該基因爲調節基因。
微效多基因：影響同一性狀的基因爲數較多，以致無法在雜交子代中明顯地區分它們的類型，這些基因統稱爲微效多基因或稱多基因。
有三種：
1、非同源染色體上的非等位基因
2、同源染色體上的非等位基因
3、同一條染色體上的非等位基因
