【舞臺】第一戰：EVE，HP40。當空中的光點逐漸會聚到一點時，她便發動激光攻擊。可抓住攻擊的瞬間左右移動避開。在戰鬥中，阿婭身體發熱，她的PE（ParasiteEnergy）能力覺醒了。可使用手槍或警棍進行攻擊，距離越近傷害越大。EVE第一形態的HP耗盡便會離去，舞臺幕布後面有個洞，可以進入劇場後臺，邊上的道具別忘了拿，下去以後會發現一個幻影，引導着阿婭……
【後臺】走廊上會遇到變異老鼠（華麗的CG），注意躲避其尾巴的火球攻擊，以及注意不要在正前方靠得太近，從側向或後方攻擊怪物，輕鬆拿下。劇場後臺走廊盡頭左邊房間的屍體可以拿到theatrekey|けぃこぽの鍵（劇場鑰匙），同時可利用電話機存檔。
在梅麗莎（MelissaPearce|メリッサ·ピアス）的房間的梳妝檯上可以找到她的日記，瞭解關於她近期的狀況，同時拿到另一把鑰匙（"がくやの鍵"），逐一搜尋所有房間，彈藥道具不可錯過，順便還可以小練一兩級。如果此時返回劇院門口，發現後援和救護車停在外面，與醫生對話可恢復所有體力，與警官對話可反覆取得大量彈藥（約90發），然後可返回用劇場鑰匙開啟走廊盡頭的門，第二形態的EVE正等着你。
【練琴房】第二形態EVE：HP80，攻擊方式變爲兩束激光。戰鬥中操作搖桿走在激光中間即可，攻擊仍注意靠近EVE，以便造成最大傷害。
擊敗EVE後，從鋼琴旁邊的洞進入下水道內。注意仔細探索下水道盡頭，樓梯腳左側是通往BOSS戰的門，邊上有M1911A1，盡頭右側的隱藏房間，拿到道具後再前進。
【下水道盡頭】BOSS戰，EVE召喚的鱷魚怪：HP118，弱點：眠/熱，分爲頭和尾兩個攻擊點，尾巴攻擊方式爲光波，頭部攻擊方式爲光柱。先打掉尾巴，然後攻擊頭部。戰鬥中注意繞到BOSS側面或後方，既能躲避攻擊，又能給怪物造成大的傷害。
戰鬥結束，劇情返回劇院出口，阿婭的搭檔黑人警官丹尼爾(DanielDollis|ダニエル·ドリス)等在門口，兩人返回警察局，DAY1結束。
DAY2·Fusion|融合
卡耐基劇院的慘案造成了極大的影響，局長道格拉斯(DouglasBaker|ダグラス·ベイカー)交給阿婭一個改造許可證，用這個許可證可在武器保管部改造裝備。
【武器保管部】前往警局地下室，從特雷斯·歐文斯(TorresOwens)這裏得到一支新武器M16A1，然後便可以對武器進行改造。
【局長室】-【會議室】新聞發佈會上，阿婭不顧局長在場，向外界公佈了前一天卡耐基劇院慘案的詳情，並透露了有關線粒體變異的情況。
【博物館】丹尼爾和阿婭前往美國自然歷史博物館會見漢斯·克蘭普博士(HansKlamp|ハンス·クランプ)，希望這位研究線粒體課題的專家能夠給他們提供一些有用的線索，但是當博士聽到EVE這個名字後，神色激動，阿婭他們沒有得到任何情報，無功而返。
【中央公園】17警局收到線報，得知EVE會前往中央公園的野外音樂堂進行表演。此時中央公園已經被EVE的能量所影響，阿婭只能一人進入。
路上怪物種類明顯比第一天要多而且強，戰鬥要訣就是把握怪物行動規律，選好最佳位置躲避攻擊和打擊怪物。中央公園的事務所可取得動物園鑰匙（zookey|CPの鍵），進入旁邊的門，從玻璃牆的破裂處進入了種滿亞熱帶植物的區域，繞到後面有箱子可以拿。同時這個院子裏的工具（Tool）不要漏了，這是改造裝備的必要道具。
從右側通路一直走到底就是野外音樂會場。EVE正在舞臺上表演，慘劇再次發生……（CG）
阿婭隨後追上去，中間會有小女孩的幻影引導着你前進，不過可以不去理會，把公園裏的路通通繞一遍，拿到道具後再走，路線並不複雜。來到一個石像小廣場，穿出之後SAVE，準備BOSS戰。
【公園深處空地】BOSS戰：大蚯蚓，一共四段，分別HP爲110、130、150、200，每消滅一段，剩下的部分會變得更大。戰鬥中要不停地移動，觀察各段位置和出現時機，在安全的位置等到剛鑽出地面時候給予打擊。只剩下最後一段時，BOSS的攻擊範圍和攻擊力都增強了許多，注意在遠處恢復PE，然後靠近攻擊，有點耐心就能透過。
【馬車】BOSS戰：EVE，HP300。EVE的主要攻擊方式爲爪（近）和能量彈（上空）。馬車上很狹小，注意往其相反的方向躲避近距離攻擊在上空時，能量彈的出現會有一個光環的提示，此時往光環的對角方向跑即可避開空中攻擊。
EVE再次敗退，馬因爲受其影響着火而一路狂奔，馬車失控……翻車後，阿婭昏了過去，此時EVE重新返回……DAY2結束。
DAY3·Selection|淘汰
前田(KunihikoMaeda|前田邦彥)，這是從日本來的線粒體專家，一位關鍵人物登場了。
【SOHO】這裏可以得到許多道具和裝備，仔細搜尋，不要放過任何角落。然後同丹尼爾和前田一起返回。
【博物館】在實驗室裏，前田透過顯微鏡講解了有關線粒體的原理，此時克蘭普博士出現，告訴他們警局出現狀況……
【第17警局】警局一片狼藉，EVE的能量已經影響到了這裏！在地下室得知丹尼爾的兒子本(BenDollis|ベン·ドリス)以及警犬希瓦都失蹤了，特雷斯遇害，韋恩(WayneGarcia)接替了他的工作。這一日剩下的劇情全在警局內完成，二樓拿到武器庫（地下室走廊盡頭）的鑰匙，裏面有一把MP5K，是相當趁手的武器。三樓拐角處的房間打掉犬人間（青），可獲得射程較遠的SG550這一層還有一樓更衣室衣櫃的鑰匙，總之別放過任何角落。
【頂樓】警犬希瓦產生了變異，身體急劇膨脹，變成一隻面目猙獰的三頭犬，趕來保護本的局長向怪物連連開槍，但於事無補，很快彈藥耗盡……（CG）
BOSS戰：三頭犬，三頭的HP分別爲320、450、220，使用激光柱攻擊，注意在側向躲避，各頭之間會相互恢復HP，逐個擊破便可。此BOSS能提供1000EXP，同時能獲得M9改。
警局恢復了正常，DAY3結束……
DAY4·Conception|受胎
阿婭在恍惚的記憶中，發現幻覺出現的場景是弗朗西斯醫院，於是她和前田一起前往醫院尋找線索……
【警局】丹尼爾暫時取代了局長主持大局，在三樓鑑別室的前田告訴阿婭，EVE正在向完全體進化，這是個非常危險的信號。
【醫院】坐電梯到二樓，遇見了一直出現在阿婭幻覺中的小女孩，此時電梯突然出現故障並停在B1層。阿婭必須先找到三根保險絲恢復電力。第一根可以在右側雜物間的櫃頂找到。出房間又看見小女孩的幻象，追過去，在左邊的一個放有電話的房間抽屜裏找到一把鑰匙，可用來開啟解剖室的門。從左方進入病房，然後從下方的門離開，這個時候樓梯過道盡頭的樓梯坍塌了，再返回解剖室，進入上方的房間，在一具燒焦的屍體上找到藍色鑰匙卡，並在這個房間上方的藥箱處得到第二根保險絲。
利用這張卡開啟鎖着的門，再次看見小女孩，從側面的門進入房間，右下角取得第三根保險絲，返回恢復供電。注意順序先接電線，再裝保險絲，最後開電源，否則要觸電……
搜尋完畢可坐電梯返回一層，會看到兩個小女孩的影象，記憶越來越清晰，這個醫院的確是阿婭曾經來過的地方。進入上方的房間與護士交談，獲得綠色鑰匙卡，進入電梯旁的門，在房間右下方開啟閥門，接着就可以乘電梯到13層。
【13層】門口有焦屍的房間是進不去的，不用浪費時間，進入對面的門，推開左邊牆上的一個爐子，就能開啟通往天台的電梯。鑰匙在右側小房間，裏面有道具不要忘了，同時可以儲存進度，爲BOSS戰做準備，最好帶一些移動限制治療藥（Cure-M）。
【天台】此時美國海軍也加入到了這場危機的解救工作中，戰機從母艦起飛，呼嘯着掠過市中心……（CG）
BOSS戰：大蜘蛛，HP850，主要攻擊方式爲吐網，然後發射火球。如被網粘住，最好第一時間解除來躲避隨後的火球攻擊，趁其攻擊間隔靠近給予打擊。消滅後，戰機迫近，但此時EVE的力量已經長了一大截，飛行員受其影響直接熔化，戰機失控，撞向天台。所以這個時候一定要及時移向天台左下方，進入一個升降機確保安全，否則只顧着看CG，就準備GAMEOVER吧，DAY4結束。
DAY5·liberation|解放
由於EVE的再度逃脫，尋找她的蹤跡已經刻不容緩，進化中的EVE，無疑是一個巨大威脅的存在……
【唐人街】街面地圖非常簡單，一直往前即可，途中不要漏掉道具。走到盡頭，前田正在調查地下水道入口處的一些可疑肉塊，阿婭再次隻身前往下水道探索。
【地下水道】這裏雖然交叉口比較多，但地圖仍然簡單，建議花上幾分鐘時間繞過每一個死角，裏面的道具還是值得一拿的。出了下水道，爬上樓梯，經過一座橋，這裏是一個儲水區，能看見大量的黏液。前往泵房，開啟電源，並操作水泵排出黏液，再關閉，這樣就可以透過泵房的小門離開，經過抽乾水的水道，進入廢棄的地下鐵道。
【地下鐵道】存檔，搜刮道具然後前進（兩條路都一樣），在兩條鐵軌的交匯處，會碰上一個強勁的對手。
BOSS戰：蜈蚣，HP900，行動迅速，攻擊帶有毒屬性，後期分裂爲四段，提起精神，集中火力一一擊破。
這附近有一截廢棄的車廂，不可錯過。之後一路往前，調查北面橋上的屍體可獲得離開地下鐵道的鑰匙，DISC1到此爲止，換盤。
【第3碼頭倉庫】可去可不去的地方，不過建議轉一下，蒐羅一下工具和其他道具以及碰一下最深處的BOSS。
BOSS戰：大螃蟹，HP830，攻擊方式和攻擊力都較爲可觀，嘴巴吐出的水泡是有毒的，而眼睛的激光攻擊傷害非常大，剩餘HP過低有可能被激光直接掛掉。正確的打法是先打掉兩隻鉗子，儘量不要在正面，對於水泡可以迅速移到另外一測，完全可以躲避。擊敗後獲得火箭筒AT4——垃圾一個，收集罷了。
【博物館】阿婭再次來到博物館拜訪克蘭普博士，他很有可能掌握着更多的祕密而沒有透露。但一進門就發現他在躲避，阿婭一路追蹤（地圖上逆時針方向經過），最後發現沒有出口，原路退回。
回到大廳，從正前方進入，會找到通向2層的樓梯。[補充：其實在博物館裏可以隨意亂轉，能進就進，碰到答題機還可以玩迷你遊戲贏道具，攻略的路線只是效率更高，少走彎路]然後一路走到左上角的房間，在門後可以發現處於室外的緊急階梯，可通1層和3層，這樣1樓大石像房間的道具就能拿到了。
阿婭在三樓調查時，突然發現被人鎖了門，只有另尋出路。在中部有一個房間裏的玻璃窗是破的，利用這個缺口返回二樓，沿走廊前進到控制室，有存檔點，解除警報，電梯開啓。先別急着離開，在房間右側還有個隱藏電梯，裏面的物品不要忘了。
正在阿婭出門的一刻，不可思議的一幕發生了，大量黏液涌向一樓展廳的霸王龍骨骼化石，迅速滋生開來……它活了！（CG）
回到二樓右側克蘭普博士的辦公室，發現了前田，有關這個事件的內幕越發明晰了起來，瑪婭（MAYA）和阿婭的是兩姐妹，她們在小時候曾經接受過來自日本的器官移植，捐獻者爲出車禍的母女，而這對母女的丈夫和父親正是研究細胞生物學的專家，因此阿婭也具有PE能力，在EVE事件中覺醒，而當時主刀醫師就是克蘭普。克蘭普在研究線粒體的無性繁殖，而聯繫此前一天在弗朗西斯醫院的人工精子庫的相關調查，不難發現梅麗莎也曾經使用過這類器官，由於她經常使用藥物來抑制排斥反應，慢慢地身體抵抗能力變弱，覺醒的線粒體細胞逐漸控制了她的身體乃至意識，完全變成EVE，開始了向人類世界的報復……。
正在此時，絕望的克蘭普突然撲向阿婭，幸好丹尼爾及時趕到，將其制服。而克蘭普也遭到了報應，他的身體起火了！取得克蘭普的鑰匙，就能去博物館剩下所有此前未曾到過的地方。
【3層】左下的房間，BOSS二連戰：三角龍，HP2000，其EXP高達50000，爲整個遊戲之最！三角龍以電擊和衝撞爲主要攻擊手段，當頭部被打掉後，行動突然加速，橫衝直撞，小心應付，同時要注意留一部分藥物對付下一個BOSS。
【1層】BOSS二連戰：霸王龍，HP2500。當打完三角龍後，沒有機會去其他地方，就會被推下一樓，落在霸王龍所在的展廳。
