三元一般認爲三元指天地人、日月星或精氣神等。其實三元的含義很豐富。三武是指北魏·道武帝、北周武帝和唐武宗的合稱。
三元的含義很豐富，有很多層含義。
其一，三元指天、地、人，即天元、地元、人元。這是三元最普遍、流行最廣的含義。這種含義與三才的含義相同。
其二，三元指天、地、水。《元氣論》中說：“夫混沌分後，由天地水三元之氣，生成人倫，長養萬物。”
其三，指人體中的三氣，即紫素、白素、黃素。《黃庭內經》說：“紫煙上下三素雲。”
《雲汲七籤》注：“三素者，紫素、白素、黃素也。長存三元妙氣，上下在身，則形能通神。”
《黃庭經註解》：“三素雲乃肺、肝、脾三經之氣也。脾爲黃素中元君，肝爲紫素左元君，肺爲白素右元君。”
其四，指日、月、星。《黃庭內景經》說：“上睹三元如連珠。”
註解爲：“三元，爲三光之元，日月星也。”這是三元中最爲人熟知的含義。
其五，指三丹田，即泥丸、絳官、精門。《雲汲七籤》說：“人有三丹田，上元、中元、下元是也。上元丹田，腦也，亦名泥丸中元丹田，心也，亦名洚官下元丹田，氣海也，亦名精門。三元之中，各有一神。”
其六，指上元、中元、下元三甲子。術數中以六十年爲一甲子，以一百八十年爲一週始。在一週始中有三個甲子，第一甲子爲上元，第二甲子爲中元，第三甲子爲下元。
其七，指精、氣、神三元。《性命圭旨》中說：“精、氣、神謂之三元。三元合一者，丹成也。”
其八，指化育天地萬物的三氣。《雲汲七籤》中說：“三元者，一曰混洞太無元高上玉皇之氣，二曰赤混太無元無上玉虛之氣，三曰冥寂玄通元無上玉虛之氣也。”
其九，指堯、舜、禹。道教也有把堯、舜、禹看作三元的情況，如南方有三元宮，三元店中供奉的即堯、舜、禹。
其十，指三官，即天官、地官、水官。道教以正月十五日爲天官的生日，七月十五日爲地官的生日，十月十五日爲水官的生日，把這三個日子作爲三元日，稱這三個日子爲三元節或三元齋。
以上三元的十種含義僅僅是有代表性的幾種，其實三元的含義還有很多，如有稱天、人、時三氣爲三元，有稱玄、元、始三祖氣爲三元，有稱眼、耳、意念爲三元等。
