秦時置餘姚縣（一說漢建），屬會稽郡。東漢建安五年（公元200年）始築縣城，爲浙東古縣城之一。
據《太平寰宇記》所載：唐初“餘姚之境東包明州，西轄上虞，爲越州巨鎮”，一度升爲姚州（唐武德四年（公元621年）置姚州）。
宋爲“望縣”，“東南最名邑”。元貞元年（公元1295年）改爲餘姚州。
明洪武二年（公元1369年）廢州復縣。1911年11月8日（清宣統三年九月十八日）餘姚光復。
1949年5月23日餘姚解放，1949年後，境域多次變動，最大一次是1954年，大古塘以北棉區劃歸慈溪縣，慈溪縣西部稻區、山區劃歸餘姚縣。
1985年7月26日撤縣設市，設9區、8個鎮、63個鄉。
2006年1月1日，原東北街道更名爲鳳山街道，西北街道更名爲陽明街道，東南街道更名爲梨洲街道，西南街道更名爲蘭江街道。
2012年，轄陽明、鳳山、梨洲、蘭江、低塘、朗霞6個街道，黃家埠、臨山、泗門、小曹娥、牟山、馬渚、丈亭、三七市、河姆渡、陸埠、大隱、樑弄、大嵐、四明山14個鎮和鹿亭鄉，隸屬寧波市代管。
