有可能是抑制物及核酸提取中試劑的混入
內源性內標，常採用的是樣本中固有的人體細胞中的管家基因，如RNase P等人源基因，這些基因在人體各器官組織細胞中普遍存在，存在於採集的咽拭子等標本中，因此可以檢測是否採集到了上皮細胞及整個實驗操作過程的準確性，由於人基因組和病毒提取效率存在一定差別，內源性內標無法完全監測提取過程中存在的問題。
外源性內標，常用的是MS2噬菌體等假病毒，在臨牀標本製備前加入，然後與標本中的靶核酸一起經歷核酸提取過程，可以較全面地監測從核酸提取到產物分析全過程的有效性。外源性內標不但可以監測標本中PCR抑制物及核酸提取中試劑的混入所致的假陰性外，而且還可以監測因爲PCR擴增儀孔位間溫度的不準確及核酸的提取效率太低所致的假陰性。
