二者區分的標準不一樣，沒法比較。
股份制醫院，應該是兩個或兩個以上的利益主體，以集股經營的方式自願結合的一種企業組織形式。它是適應社會化大生產和市場經濟的發展需要、實現所有權與經營權的相對分離、利於強化企業經營管理職能的一種企業組織形式。
三級甲等醫院（簡稱三甲醫院）是依照中國現行《醫院分級管理辦法》等的規定劃分的醫療機構級別，是中國內地對醫院實行“三級六等”的劃分等級中的最進階別。
三甲醫院申報考覈的主要項目包括醫療服務與管理、醫療質量與安全、技術水平與效率。
中國內地民營醫院也可以參與醫療等級評定。
三級（病牀數在501張以上）是向所在地區以及周邊輻射區域提供高水平醫療衛生服務和執行高等教育、科研任務的區域性以上醫院。甲等是按評分標準獲得超過900分爲甲等。
