(1)發酵過程一般來說都是在常溫常壓下進行的生物化學反應，反應安全，要求條件也比較簡單。
(2)發酵所用的原料通常以澱粉、糖蜜或其他農副產品爲主，只要加入少量的有機和無機氮源就可進行反應。微生物因不同的類別可以有選擇地去利用它所需要的營養。基於這—特性，可以利用廢水和廢物等作爲發酵的原料進行生物資源的改造和更新。
(3)發酵過程是透過生物體的自動調節方式來完成的，反應的專一性強，因而可以得到較爲單—的代謝產物。
(4)一般情況下，發酵過程中需要特別控制雜菌的產生。通常控制雜菌的方法是對設備進行嚴格消毒處理，對空氣加熱滅菌操作以及儘可能的採用自動化的方式進行發酵。通常，如果發酵過程中污染了雜菌或者噬菌體，會影響發酵過程的進行，導致發酵產品的產量減少，嚴重的，甚至會導致整個發酵過程失敗，發酵產品被要求全部倒掉。
(5)微生物菌種是進行發酵的根本因素，透過變異和菌種篩選，可以獲得高產的優良菌株並使生產設備得到充分利用，甚至可以獲得按常規方法難以生產的產品。
