蒙醫學就業前景相當狹窄，但是就業率不錯。
畢業生一般從事醫療、教學、科研等領域從事實際工作。該專業培養具備蒙醫學、臨牀醫學的基本理論和醫療預防的基本技能及人文知識能在各級醫療衛生機構、科研部門從事醫療、預防、科研等方面工作的有創新精神的應用人才。主要學習蒙醫藥學基本理論、基本知識和蒙醫臨牀診療技能，掌握一定的現代自然科學和現代醫學等方面的知識，接受蒙醫臨牀技能和現代醫學臨牀技能的基本訓練，掌握蒙醫各科疾病的臨牀診療技能。
本專業畢業生可到醫學研究部門、醫學院校和各級醫療衛生單位及醫院從事科研、教學、醫療工作和管理工作，也可報考蒙醫文獻研究或蒙醫學臨牀各學科碩士研究生繼續深造。該專業是一個正在發展的事業，隨着人們對天然藥物、傳統療法的肯定，蒙醫學也在日益突破地域性的限制，對蒙醫學人才專業的需求也日益擴大，但主要是對進階專業人才有較大需求。
總體而言，蒙醫學學院畢業生的就業狀況普遍有保證，就業前景良好。
