學生畢業後就業對口的單位還是相對較多的，工作機會也很豐富，包括藥物研究與開發單位、醫藥院校、醫藥生產和商業企業、醫院、醫學衛生行政管理和藥檢所等部門以及教育部門，例如學校等。其工作崗位和內容包括醫藥及相關產品的生產、科技開發、應用研究、藥廠設計和經營管理等。
另外，學生還可以根據需要考一些與本專業相關的資格證書，例如:藥物分析工程師、藥物製劑工程師、化學制藥工程師、生物製藥工程師、生化製藥工程師、工業檢驗師、醫藥工程師、化工工程師等。
除此之外，還可以繼續深造攻讀碩士、博士學位。本專業的學生出國機會相對來說會較多，讀研比率也相對於文科或其他工科專業高，考研可選擇的學校範圍很廣。
