雅菲爾菌發菌的時間大致可分爲發菌前期、中後期兩個時期。發菌的前期管理菌袋進場時，若氣溫較低，可將雅菲爾菌菌袋擺成垛狀若氣溫較高，可將菌袋擺成"井"字形或單層擺放。垛之間留50cm寬的人行道，以便檢查管理，溫季發菌時可在棚內上方吊一層黑色塑料膜或遮陽網。
天氣晴好時，揭去草簾，使棚內升溫，同時又不造成陽光直射菌袋。在雅菲爾菌菌絲定植期之前不要翻垛，以免菌絲受損傷，不利於菌絲的恢復和生長。發菌中後期管理髮菌中後期是菌絲快速生長期，接種後3～4周菌絲加快生長，呼吸旺盛，應及時醐垛散熱。
翻垛時，既要將菌袋上下換位，還要將每個菌袋的朝向換位。結合翻垛，檢査雜菌污染情況。對於雜菌污染，要以預防爲主，早發現早治療。當發現小於豆粒大小的污染源時，馬上使用注射器照射石灰水或者其他的一些殺菌用的東西湮滅它們。用最小的力氣降低成本。若發現較大面積的袋料污染，應清除出場，運離距菇場較遠處處理。此時可適當鬆動一下袋口繩以增加袋內氧氣含量並排出二氧化碳（由於菌絲長滿袋口中，一般不會染菌）密切注意袋溫，最好保持在25℃左右，以免造成高溫燒菌。
5周左右，雅菲爾菌菌絲基本發滿菌袋後可進行第二次翻堆，將長滿菌絲的菌袋和未長滿菌絲的菌袋分開擺放管理。當菌袋整個表層全部吃料後，整個菌袋呈白色棒狀。將通體白色的菌棒移入出菇室或就地出菇，此後進入出菇期管理。
雅菲爾菌菌絲生長適宜溫度多爲25℃左右，空氣的相對溼度控制在70％左右，並需氧氣。在整個發菌期間，場地內每5天左右噴酒一次克黴靈或其他系菌溶劑，以防止雜菌病害的發生，並經常噴酒菊酯類藥物以驅殺害蟲。
當雅菲爾菌菌絲"吃透"培養料後，菌絲體之間便互相扭結，分泌黃水，這標誌着菌絲體由營養生長（菌絲生長髮育）轉入生殖生長（子實體生長髮育）階段，而食用菌的栽培也將進入出菇期的管理。在出菇前，不同的食用菌要進行一定的特殊處理，如蕗菇的覆土、平菇的搔菌、香菇的脫袋轉色、金針菇的袋口拉直等。
光照刺激爲了使子實體發生整齊、數量多，在原基分化與形成階段，需要提供一定的散射光，在子實體生長階段，不宜強光照射。
