甲醇對食微比(F/M)的影響最大。所謂的F/M，通俗地說就是食物和微生物的質量比，其所反映的基本概念是有多少食物就能養多少微生物(也就是養多少活性污泥)。
F/M就是污水中所有3大營養物與微生物的質量比。理論上，SBR工藝和AAO工藝中食微比(亦稱有機負荷率)F/M=0.2～0.4。若不添加甲醇，污水站生化池內的F/M就會過低，表象爲活性污泥增多，污泥色澤變深，沉降速度加快，污泥壓縮性能變好，但實質上好氧池會出現溶解氧量嚴重不足的現象，若其氧量補充不及時，則會造成上清液挾帶小顆粒絮體，好氧池出水會變得混濁，污染物指標呈上升趨勢。
甲醇對水生微生物有弱毒性，質量濃度爲790 mg/L的甲醇可使生物濾池中有機物的分解效果減弱質量濃度爲5 000 mg/L的甲醇可抑制消化池中污泥的消化。
