運營時間不同，珠海北站：珠海北站於2009年開工建設於2011年1月7日投入使用。珠海站：珠海站始建於2009年於2011年4月全面開工建設於2012年12月31日正式開通運營。
2、地理位置不同，珠海北站：珠海北站位於珠海市香洲區金鼎鎮金峯北路。珠海站：珠海站位於珠海市香洲區拱北街道昌盛路5號。
3、建築面積不同，珠海北站：珠海北站站廳建築面積2500平方米，無柱雨棚結構投影面積達7500多平方米。車站共設兩層，一層爲站廳和設備用房，二層是站臺。珠海站：珠海站總建築面積爲69488.44平方米。珠海站主體建築有四層，地下一、二層分別是出租車站場和社會停車位。地下換乘中心設有6個車行出入口。地上一層是售票和候車大廳，二層則是乘車的站臺。
珠海站是坐落在香洲區拱北口岸旁邊設立的 高鐵終點站。珠海北是坐落在高新區唐家灣鎮，是從廣州到珠海的 第一個珠海站點 ，他只是一個經過的站點不是終點站 ，而且每天的到達和經過的列車不是每一趟都停靠，相對來說可以 出發和到達的車次比較少 。沒有珠海站 方便。
兩個都是廣州南站到珠海的城際動車站，僅是地理位置不一樣。珠海北站是入珠海的第一站，位於市區北面的金鼎高新區。珠海站曾是終點站，位於市區的南端，因並肩於拱北口岸，所以人流是最大的。當然也因拱北比較繁華而吸引人流
