1．污染區水樣的採集 如可疑污染區內有水點、水庫、河流等，可按有小不採大，有靜不採動的原則採取表面水。每點採100~500ml，用聚乙烯袋或洗淨的瓶子盛裝，要紮緊袋口或塞好瓶塞，不得使水外溢。如有采樣箱，可用箱中的硝酸纖維膜濾器過濾採集水樣，可達到集菌的目的。過濾的水可供檢查毒素或病毒之用。
2．井水的採樣
爲檢查井水是否污染，可從表面取水100~500ml。可使用採水桶，將繫有繩索的採水桶垂直接觸水面使桶下沉時，井水衝開安裝在桶底的單向活瓣進入桶內，水滿後，猛力提起水桶，使活門受水壓閉合，將可進入桶內的水提出。如連續使用採水桶時要點燃酒精燈或酒精棉燒灼消毒後再用。
3．自來水採樣
爲監視供水系統是否被污染，可從自來水採樣檢查。採樣前先點燃酒精棉球，燒灼水龍頭口。然後，將水龍頭開放5~10分鐘，再用500毫升滅菌瓶接水。爲中和自來水中的餘氯，瓶中要預先加入2毫升1%硫代硫酸鈉。
