傳統方法爲1998年由ducret等人提出的數據依賴性採集(dda，datadependentacquisition)，該方法中，先進行一次母離子掃描，然後挑選其中丰度較高的母離子，依次進入碰撞腔解離並得到子離子譜圖。該方法可得到較高的分析物覆蓋度，因此至今仍是被廣泛採用的採集方法。
近年來數據非依賴性採集(dia，dataindependentacquisition)得到了較快發展，相比於dda方法，該方法具有更高的靈敏度、動態範圍、分析通量和更好的定量性。這種方法的典型代表是美國專利us6717130中描述的mse方法以及美國專利us8809770中描述的swath方法。在mse方法中，先進行母離子掃描，然後把較寬質量段甚至全部的母離子一起放入碰撞腔進行解離，並記錄子離子譜圖，透過同一分析物的母離子和子離子在色譜(或離子遷移譜)中的保留時間或峯型等方面具有相同的特徵，用解卷積算法關聯母離子和子離子。
