香水菖蒲屬性爲多年水生草本植物，是香蒲科香蒲屬的一個種，常生長在湖泊、河流、池塘一帶地方。普通菖蒲屬性爲多年生草本植物，主要生長在沼澤地、溪流邊以及水田邊。
二、葉片不同
香水菖蒲的葉片細長，是半橢圓形，無中肋，色深綠，有棒槌，秋天可見。它的葉子可做工藝品，以前農村也常常用它來鋪炕。普通菖蒲比香蒲矮，葉片扁而稍寬，葉質比較厚，有中肋，色淺綠，長穗。
三、根莖不同
香水菖蒲根莖乳白色，高爲1.3-2米，地上莖生長比較粗壯，其生長下粗上細。普通菖蒲根莖肉質，直徑爲5-10毫米，長5-6釐米，外皮顏色爲黃褐色，聞起來有點芳香。
四、花序不同
香水菖蒲的花爲單性，成狹長的肉穗狀，花序是灰褐色的，一般生長於植株中上部，雄花集生上方，雌花集生下方。普通菖蒲的肉穗花序呈黃綠色，爲圓柱形，一般生長於植株的基部，直立或斜向上生長。
