雷神瞳的位置在知比孤島最北側，東北和西北側的海灘上，知比孤島中心最高峯有兩個，山腰有一個，知比孤島東側的海灘有兩個，千來遺蹟東北角的地域東側有一個，西側有一個，逾野西北側的小島海灘有一個雷神瞳，海灘沿線一直到惑灘海岸沿線一共有四個，是很容易找到的。
雷神瞳是用來升級雷之神像的，和巖神瞳的作用差不多，巖神瞳是用來升級巖之神像的。滿級的雷神瞳需要消耗180個雷神瞳。
勘定奉行主樓屋頂
．紺田村海灘邊石頭頂
．紺田村海灘邊空中可以從影向山向下飛行獲取
●木屋附近松樹頂上
．海灘附近底下洞穴神社頂上
．荒海海底機關封印需要雷種子達到一定等級才能進入內部有一個寶箱
．荒海櫻花樹附近破井頂上
．荒海懸崖往下飛即可看見
