TAE是使用最廣泛的緩衝系統。其特點是超螺旋在其中電泳時更符合實際相對分子質量（TBE中電泳時測出的相對分子質量會大於實際分子質量），且雙鏈線狀DNA在其中的遷移率較其他兩種緩衝液快約10%，電泳大於13kb的片段時用TAE緩衝液將取得更好的分離效果，此外，回收DNA片段時也易用TAE緩衝系統進行電泳。TAE的缺點是緩衝容量小，長時間電泳（如過夜）不可選用，除非有循環裝置使兩極的緩衝液得到交換。50×TAE Buffer 配製方法： 1。稱量Tris 242g，Na2EDTA.2H2O 37.2g 於1L燒杯中 2。向燒杯中加入約800ml去離子水，充分攪拌均勻 3。加入57.1ml的冰乙酸，充分溶解 4。用NaOH調pH至8.3，加去離子水定容至1L後，室溫儲存。 10×TBE緩衝液（1 mol/L Tris， 0.83mol/L 硼酸，10mmol/L EDTA)： 121.1g Tris，51.35g硼酸，3.72g Na2 EDTA ·2H2O，溶於雙蒸水中定容至1升，置於4℃下可貯存2周，其pH約爲8.3。
