1、筆頭不同。記號筆的筆頭多爲圓的，馬克筆是方頭擁有堅硬筆頭。
2、記號筆一般以油性爲主，色澤不易脫落，因其功能單一，顏色種類選擇不多，筆頭的變化也較少。馬克筆一般有油性、水性、酒精三種，顏色種類繁多，筆頭變化也較大。
3、記號筆顏色較少，多用於做記號。馬克筆顏色較多，多用於畫圖。
4、記號筆顏色不易擦除，馬克筆顏色容易擦除。
記號筆是一種可在紙張、木材、金屬、塑料、搪陶瓷等一種或多種材料上書寫作記號或標誌的筆。記號筆分爲油性記號筆和水性記號筆。水性記號筆可以在光滑的物體表面或白板上寫字，用抹布就能擦掉，油性記號筆寫的就不易擦除。
馬克筆（英語：Marker
pen或marker），又名記號筆。是一種書寫或繪畫專用的繪圖彩色筆，本身含有墨水，且通常附有筆蓋，一般擁有堅硬筆頭。
馬克筆的顏料具有易揮發性，用於一次性的快速繪圖。常使用於設計物品、廣告標語、海報繪製或其他美術創作等場合。可畫出變化不大的、較粗的線條。箱頭筆爲馬克筆的一種。現在的馬克筆還有分爲水性和油性的墨水，水性的墨水就類似彩色筆，是不含油精成份的內容物，油性的墨水因爲含有油精成份，故味道比較刺激，而且較容易揮發。如果玩具掉漆可以用馬克筆補色。
