三格底濾缸濾材一般第一格是進水格，從上至下依次可放置：濾棉—生化棉—生化球（也可以放在溢流區）—菌屋—藤面。
第二格則放置細菌屋等濾材，也可以上半珊瑚石下半細菌屋第三格是抽水格，可以放置抽水泵，滅菌燈，溫度計，加熱棒，麥飯石，火山石，沉木等。值得注意的是，加熱棒最好放在底濾格之間的夾縫處。
三層底濾濾材正確擺放
然後思想觀賞魚的過程中使用三層底濾的魚缸，一般來說都是大型飼養的觀賞魚缸層層底濾的濾材擺放的順序首先是過濾棉，生化棉。消化棉用來進行物理過濾。而後經過陶瓷環細菌屋和火山石培養消化細菌，進行生化過濾。第三層用來做沉澱倉就可以了。
三層底濾濾材正確擺放
第一層擺放濾棉，白棉或綠白棉放三層左右，不能太多，防止水流大，濾棉溢流。濾棉下方放一片生化棉，既有增加氧氣作用，也有培菌作用。
第二層擺放生化濾材，細菌屋陶瓷環等，是最重要一個倉。 第三層放置過濾泵以及一些火山石等淨化水質的石頭。
