1、形態特徵不同
黃檀：樹皮呈灰色，樹皮開裂，條紋脫落，內皮赤褐色木材呈淡桃褐色、淡黃褐色，有金屬光澤具間隔窄，有規則性的深褐色條紋氣幹比重值A.D.0.80－0.90交錯木理，其具有加工性良好，木種材性具有光澤，紋理直，結構細而均。
金絲楠木：它的原生態植物是大喬木，高達30餘米，樹幹通直。芽鱗被灰黃色貼伏長毛。小枝通常較細，有棱或近於圓柱形，被灰黃色或灰褐色長柔毛或短柔毛。
2、產地不同：
黃檀爲生長於非洲加蓬、喀麥隆等熱帶雨林地區木材。金絲檀木木材種屬爲非洲的小斑馬木，屬蘇木科樹種中的一種木材。
金絲楠木生長於海拔1000到1500米的亞熱帶陰溼山谷山窪以及河邊，其中品質最好的主要分佈在中國四川邛崍、峨眉山，以及四川與雲南接壤的地方。主要分佈於中國四川、貴州等海拔1000-1500米的亞熱帶地區陰溼山谷、山窪及河旁。
