一、生物製造的優點：
1、可以顯着提高作物產量，可以幫助提高食品供應的營養成分，食物鏈具有靈活性。
2、透過生物製造，能夠保護我們的資源，透過鹽漬、冷凍、乾燥和巴氏殺菌來延長各種食品的壽命。
3、可以幫助增強我們食物中的維生素和礦物質，最大限度地減少對殺蟲劑的需求。
4、透過生物製造，有多種植物被設計成能夠自然抵抗害蟲和作物病害，降低養殖成本。
5、生物製造幫助創造了更省油的交通方式，透過引入生物燃料可以減少破壞臭氧層的溫室氣體排放。
二、生物製造的缺點：
1、工程植物與正常植物之間的異花授粉通常會導致不可持續的品種。2、生物製造非常昂貴，而且沒有任何節省。
3、對生物製造進行了大量研究，並且其數據庫似乎已經擴展，但仍有很多不知道的地方。
生物製造的優缺點
生物製造：Biological Manufacturing，指以生物體機能進行大規模物質加工與物質轉化、爲社會發展提供工業商品的新行業，是以微生物細胞或以酶蛋白爲催化劑進行化學品合成、或以生物質爲原料轉化合成能源化學品與材料，促使能源與化學品脫離石油化學工業路線的新模式，主要表現爲先進發酵工程、現代酶工程、生物煉製、生物過程工程等新技術的發明與應用，具有低碳循環、綠色清潔等典型特徵。
生物製造的優缺點
生物技術的好處：1、利用生物技術改良品質，提高作物產量，選育優良品種。包括糧食作物、菸草、經濟作物、蔬菜瓜果、花卉、樹草的抗病基因、高蛋白含量基因、固氮基因。還有快速繁殖，縮短繁殖期，較快獲得較多產物。培育人工種子，可選育所需苗株，低成本，高收益。以及我們所瞭解的產生新物種。
2、在醫藥方面應用廣泛，特別是貴重藥物生產、疫苗生產、新的診病技術、新的治療方法有特殊意義。 利用基因工程和細胞工程生產藥物。如，生長激素、生長激素釋放抑制素、胰島素、干擾素等。 另一方面，隨着克隆技術的不斷髮展，一旦技術成熟，將給醫療衛生界帶來翻天覆地的變革，大大提高人類健康水平。而且，試管嬰兒的出現，給人類帶來前所未有變化，給有相關需求的家庭帶來了福音。此外，對於瀕危物種，克隆技術在保護和恢復方面也有很大幫助。
3、發展潔淨新能源是未來能源業建設的發展方向，現代生物技術的生產力發揮的更充分。發展新型燃料電池。燃料電池使用氣體燃料，其效率高、污染低，是一種很有前途的能源利用方式。充分利用有機垃圾或有機廢水爲原料生產氫能源。據稱，日本研究人員爲製取氫氣的生活垃圾可循環利用，還研製新型“發酵設備”更有利於提高生活垃圾制氫效力。我國哈爾濱建築大學研究人員已建立以厭氣活性污泥爲原料的有機廢水經微生物發酵法生產氫的技術。
4、環境保護方面的應用分爲兩大類，一是污染監測，二是污染治理。現代生物技術建立了一類新的快速準確監測與評價環境的有效方法，主要包括利用新的指示生物、利用核酸探針和生物傳感器。另外，還有生物酶技術、金標免疫速測技術、FCR技術、生物發光檢測技術、生物芯片技術和生物傳感器。其中生物芯片技術和生物傳感器應用最爲廣泛。在環境保護上，基因芯片也有廣泛的用途，現代生物技術除了應用於環境監測以外，還應用於環境污染治理。現代生物治理採用純培養的微生物菌株來降解污染物。
生物技術的壞處：
1、生物技術也可能引起生產方式和人類健康的退變。這種情況可能會隨着需要特定處理的轉基因作物的出現而產生，特別是抗除草劑的轉基因作物出現。農民必須從同一公司購買種子和除草劑，否則除草劑起不了作用。同樣的問題也可能在需人造肥料的轉基因作物上出現，這些轉基因作物會取代傳統的依靠有機肥的作物，後者在發展中國家是很普遍的，並且也有利於環境保護。生物技術在食品上的應用對發展中國家的農民也會造成許多困難。生物技術也會對人類的健康製造麻煩。爲了預防起見，轉基因作物產品必須經免疫測定篩選後才能利用。
2、 生物技術也可能引發環境問題。人們利用生物技術生產出抗旱、耐鹽、抗病蟲害作物同時，也導致生物多樣性遭受嚴重破壞，甚至導致一些物種滅絕。這一結果是由於生物技術促進農作物向它原本不適應的地域擴張而造成的。生物技術同樣加速土壤侵蝕和沙漠化。農業，尤其是耕作農業的擴張會增加除草劑、殺蟲劑、人造肥料的使用，農業中不斷投入的能源促進全球變暖。
