先將服務器硬盤格式化，然後插入Windows Server的光盤，從光盤啓動，即可進入Windows Server的安裝程序，按回車鍵開始Windows Server 2003安裝。
在軟件授權協議介面，按F8鍵同意其協議後進入下一步，安裝程序會自動搜尋系統中已安裝的操作系統。提示用戶選擇安裝操作系統的分區。
選擇後，系統會詢問採用何種檔案補充方式格式化分區。若要發揮Windows Server 2003安全穩定的特點，則選擇NTFS分區。
設定相關安裝資訊後，安裝程序開始從光盤複製系統檔案到硬盤上，複製檔案後，安裝程序會提示重啓計算機。
