1937年南京淪陷，只有一座天主教堂暫時未被佔領，教會學校女學生、秦淮河畔風塵女子、軍人和傷兵，還有一個美國人約翰，都先後進了教堂，在這個相對封閉的空間裏，他們共同面對一場生死浩劫，產生了各種各樣奇妙的感情。
然而，教堂也不是永遠的淨土，暫時的寧靜很快被打破——日軍衝進教堂並且發現了女學生，殊死抵抗的軍人在千鈞一髮之際開槍救女學生，英勇犧牲。
後來，日軍又強徵女學生去慶功會爲日軍表演節目，誰都知道，這將是一條凶多吉少的不歸路。
女學生們不甘被日軍凌辱，準備集體自殺，卻被以玉墨爲首的妓女們救下。
最後，這13個平日裏被視爲下賤的風塵女子，在侵略者喪失人性的屠刀前，激發了俠義血性，她們身披唱詩袍，懷揣剪刀，代替教堂裏的女學生，去赴一場悲壯的死亡之約…… 片名意義：“金陵”是“南京”的別稱，“十三釵”指的是故事中13位俠肝義膽的風塵女子。
