神舟五號載人飛船發射場、測控通信、着陸場系統，根據前四次飛行試驗的情況，進一步完善了技術狀態，落實了任務實施方案，按計劃進行設備的複檢、標定、維護，進行演練、聯調。對航天員實施醫監醫保和醫療救護的方案已經確定。這幾個系統的準備工作在9月底完成，確保10月執行任務。
爲了確保神舟五號飛行任務圓滿成功，工程總體在2003年又重點安排了大量的可靠性、安全性驗證試驗，如飛船、火箭的發動機可靠性試車，飛船各種火工機構、火工裝置的點火試驗，各種活動部件的壽命及可靠性試驗，電子設備的可靠性增長試驗、綜合應力試驗，飛船防火、防潮、防結露措施驗證試驗等。針對無人飛行試驗無法考覈的人工手動功能，安排了地面大量仿真和試驗，如：火箭逃逸仿真，飛船應急救生和在軌自主應急返回仿真，人工控制功能仿真，系統級故障模擬與對策驗證仿真等，特別重視了與航天員安全相關的飛船艙內有害氣體消除和防護、脈衝噪聲、座椅提升和緩衝性能試驗及着陸衝擊試驗等。
