《沙丘》是以保羅爲主人公，描寫這個十五歲的少年英雄如何掙扎，最後成爲亞拉基斯星的救世主。
《沙丘》的背景是遙遠的未來，那時候人類已經越出了地球，建立了恆星帝國。由三種勢力控制整個社會，一是壟斷整個恆星間運輸的宇宙協會，一是恆星帝國政府，一是掌握行星領土的土皇帝（大公），這三種勢力聯合統治着整個恆星帝國。
在衆多的土皇帝中，有一個亞崔迪公爵。亞崔迪家族一直在帝國佔很大的勢力，居很高地位。也許由於他的勢力太大，國王感到會威協到自己的統治，於是找了個藉口，將阿特列特的封地加以移封，貶到一個荒蕪的星球阿拉基斯星去。
亞崔迪公爵被貶到阿拉基斯星，遠離了統治中心，按理是可以使國王安心的，因爲阿拉基斯絕大部分是荒涼的沙漠。不過阿拉基斯星卻出產美蘭基（Melange），那是一種類似香料的東西，是醫治老人病的一種特效藥物，擁有這種物質，就等於擁有最大的財富。
這引起了亞崔迪的仇敵哈肯尼男爵（Baron Harkonnen）眼紅，他千方百計要從亞崔迪手中將這個星球奪取過來。他說服國王借給他所向無敵的沙杜卡軍團，對阿拉基斯星發動猛烈的進攻。雖然亞崔迪和他的軍隊竭盡全力抵抗，但根本沒有勝利的希望，亞崔迪最後自殺身亡。阿拉基斯星被軍團攻佔後，就變成了哈肯尼男爵的領土了。在這場變革中，被弗里曼人所尊敬的半弗里曼人行星生態學家Liet-Kynes也被哈肯尼謀殺。
亞崔迪的兒子保羅和他的母親謝西卡在混戰中，逃了出來。保羅還只是個十來歲的少年，但他心中充滿了復仇的意志。他們逃進沙漠中去，遇見了沙漠中生存的自由民弗里曼人。
弗里曼人這些自由民，可以說是帝國中的法外之民，他們的戰鬥力很強，而且是一個很有團結精神的民族。他們長期在沙漠中生活，在沙漠的腹地建築了很多洞穴，在地下生活。
少年保羅爲了使弗里曼人接受他成爲他們當中的一員，作了很多努力。在第一次接受弗里曼人的一種古老的儀式時，保羅預知能力被徹底激發，他因此能夠準確預測未來的一切。這種特異功能使保羅稱爲預言之子，人們見證了預言中的基威沙茲·哈狄拉克，一個聯繫時間與空間的救世主，謝西卡也被尊爲教母，弗里曼人將保羅視爲他們的領袖。
保羅的成長過程中，他掌握了駕馭沙漠中的大沙蟲的本領，這些大沙蟲在生產美蘭基的過程中佔有重要的地位。保羅和行星生態學家Liet-Kynes之女加妮Chani相愛，結成配偶，成爲了弗里曼人的一員，並將他們比吉斯姐妹會的搏鬥技術傳授給弗里曼的各個部落，使弗里曼人的戰鬥力迅速增強。
保羅·亞崔迪成爲弗里曼人的首領之後，改稱爲保羅莫亞迪，他開始計劃改造阿拉基斯星的氣候，希望使沙漠獲得水。有了水整個經濟及生態將會改造一新，這給基尼人帶來了希望。
保羅莫亞迪的存生，漸爲人知，他的勢力一天天發展壯大，使帝國感到威脅。哈肯尼首先感到這死敵的生存，已威脅到他對阿拉基斯星的統治，於是又和國王策劃一次新陰謀，要求再次派遣沙杜卡軍團去征剿弗里曼人。
這一次，國王親自出徵，他率領沙杜卡軍團，開始對阿拉基斯星進行殘酷血腥的征剿。激戰的結果，沙杜卡軍團慘敗，全軍覆沒，哈肯尼這陰謀家也被消滅掉，整個帝國因而改變了形勢。在沙杜卡軍團潰滅後，保羅成爲最強大的弗里曼部隊的領導人，他掌握控制了美蘭基這種強大武器，也就掌握了帝國的經濟，掌握了帝國的命脈，在這種形勢下，弗里曼軍團爲了進行聖戰，開始向宇宙進軍了。
