第一個：貝加爾湖是淡水湖，爲何湖中生活着許多的海洋生物
既然貝加爾湖是世界上蓄水量最大的淡水湖，那麼湖內生活的一定是淡水生物纔對，可是，貝加爾湖卻生存着海豹、海螺、海魚、龍蝦等等的海洋生物。
第二個謎團就是關於貝加爾湖的地圖爲何經常更新。由於貝加爾湖位於板塊間的交界處，所以幾乎在每一次的地震，或微小的板塊運動後，它的湖面面積和位置都會有輕微的改變。
第三個難以解釋的未解之謎，就是貝加爾湖只是一個淡水湖，爲何其水質竟非常優秀
接下來的未解之謎就更奇異了，那就是“藍冰”的存在。貝加爾湖向來都以“世界上最清澈的湖泊”聞名，但是到了湖面結冰的時候，就會發現，湖面上出現了無數個閃爍着藍色光芒的冰塊，這些藍冰是如何形成的，至今沒有一個令人信服的解釋，可以說這又是一個未解之謎。
最後一個謎題是關於貝加爾湖的形成之謎，由於貝加爾湖存在於印度板塊與歐亞板塊之間，所以很多學者認爲貝加爾湖形成於板塊的運動，可是隨後的發現卻否決了這一猜想，那就是貝加爾湖湖底採集的巖芯樣品中，並沒有發現中生代的沉積層，只有新生代的沉積層，可見，貝加爾湖並不是由於板塊運動而形成的，故此，貝加爾湖的形成過程堪稱一個更大的未解之謎。
