二者的區別是：
1、顏色不同
棗核的顏色爲深紅，它核眼周圍的顏色微微發白，而五眼菩提的原生顏色多爲紅色或紅褐色，在經過清洗打磨後通常爲黃褐色或者黃色，且核眼周圍的顏色與整體顏色一致。
2、形狀不同
棗核的形狀一般爲橢圓性，它眼睛的形狀扁平小巧，只有棗核橫向直徑長短的一半左右，有較深的褶皺。而五眼菩提的形狀多爲圓形，少部分爲橢圓形，在它表層的中央有狹長的眼狀條紋凸出分佈。
3、質感不同
棗核的褶皺較深，皮質很薄，將其放在手中把玩，會有很強烈的硌手感。而五眼菩提表層卻有褶皺溝回，但其皮質較厚，上手把玩壓手感較輕，能感受到其二心皮二室的表層結構。
不同的樹籽。
五眼菩提是南酸棗的果核，果核上面有五個眼洞，被玩友們稱爲五眼菩提，南酸棗是漆樹科南酸棗屬喬木。
棗核指的是紅棗、酸棗的果核，是鼠李科棗屬植物。
