1、建溪書院。位於龍文區朝陽鎮翁建社，爲龍文區最早的古書院，毀於民國洪災。清光緒《漳州府志》載：“建溪書院，在二十二都翁建社，洪武二十二年鄉人蘇廷貴建。國朝乾隆二十一年，紳士王天柱等捐修。”建溪，是九十九灣的古代名字，它在翁建的海潮堂前一分爲二：一路主幹流向西，一路翁建港（今遺蹟仍存）向東南。相傳“海潮堂”曾是朱熹的講學處，相傳是由於朱熹的感召力而形成了村莊，人們感其德，故名“翁建”——晦翁所建。
建溪書院原址不詳。根據古書院常與廟堂結合的特點，其原址可能就是“海潮堂”——如今九十九灣邊上的翁建橋邊。
2、薌江書院。位於九十九灣入口處內林社內，明代府志載其始建名字爲“龍江書院”。清光緒《漳州府志》載：“薌江書院在二十三四都翰林社，即文公祠也。洪武二十三年初，守錢古訓、令劉孟雍創。祀文公，以陳淳、黃榦、劉宗道配。正統間，守甘瑛修，嘉靖二十八年令林松修，歲入威惠廟租銀十兩，今現存。”
值得注意的是，始建於宋嘉定年間的漳州芝山書院，最早也叫“龍江書院”，兩同名書院之間，也許存在着某種淵源。另外，府志的記載有三個重要資訊：一是薌江書院由漳州知府與龍溪縣令創辦，正統年間又由知府、縣令重修，每年還有經費紋銀十兩，可見該書院很可能是爲數極少的官辦書院二是薌江書院同時也是朱文公祠三是清光緒年間書院還存在。據說毀於民國年間的洪災，具體地址不詳。
3、慧山書院（慧眼山房）。位於藍田街道梧店社好景山次峯（今景山公園），毀於清代。慧山書院一名並未錄入方誌，只有古蹟記載的慧眼山房。清乾隆《龍溪縣誌.古蹟卷》：“慧眼山房在好景山次峯慧山之上，明陳天定買山種鬆、著書其中。後祀陳天定遺像，下有賢人泉……”
慧山書院是後人對位於慧山兩處學堂的統稱：一處是明隆慶年間，陳氏族人在慧山山麓修築的、供子弟修文習武的“學頂社”二是天啓年間，吏部郎中陳天定在慧山慧眼巖左側所築的慧眼山房。
4、鄴山書院。位於古江東橋西岸溯北溪三四里處，始建於崇禎十六年（1643年），毀於清末。該地隸屬龍文區朝陽街道科坑社區。
清代《漳州府志》載：“鄴山書院，在鄴侯山，明詹事黃道周講學於此，中建講堂，撰講儀，具琴瑟鐘鼓，四方之士從遊者數百人，後圮。”鄴山書院是崇禎年間黃道周創辦的書院，歲久盡圮。清乾隆年間巡道單德謨重建講堂，進士黃寬任江西崇義縣令，假歸後在鄴山書院掌教20年，後因兵燹漸荒廢。今仍遺十一處的摩崖石刻：黃道周題“蓬萊峽”、“芙蓉峽”、“道不絕風”、“墨池”和“遊磬”，黃寬題“黃岩洞”、“靜如太古”黃可潤題“得珠”、“冠峯”、“蕉葉” ，單德謨題“吾道南來”。
